《永夜协奏曲》的故事发生在十世纪初,作为西大陆上最大宗教组织的伊尔学会使用了禁忌的魔法,击败了他们的死敌,成功统一了整个大陆的信仰。但是却带来了巨大的后遗症,那就是使得神的力量迟迟无法散去,长时间遮蔽着天空,让阳光无法照射到地面。整个西陆在此后的100多年里一直处于黑夜笼罩的状态,这段黑历史就被称作为“永夜”。
主角塞法是一个孤儿,他的亲生父母都是宗教革命的牺牲品。后来,他被伊尔学会的一个很有权势的名门收养,成为尊贵的三公子。他的大哥是枢密卿,而二哥则是千骑长。作为被寄予厚望的贵族,塞法从小被按照学会正统流程培养,将来继承家业。但是隐藏在塞法沉稳性格下的内心,却期望着叛逃出这个家族的牢笼。
在一次任务中,塞法结识了一位东陆少女。这名少女名叫安雪,实际上的身份是东陆一个小国的公主、以及宗教抵抗组织的一位炼金师。在安雪的引导下,塞法一步步的开始发现了自己身世的秘密,同时,他和安雪的关系也一步步的靠近。